Episódios
- S03E01 / O cérebro de Spock
- S03E02 / O incidente Enterprise
- S03E03 / A sindrome do paraiso
- S03E04 / Ciranda do poder
- S03E05 / Não há beleza na verdade?
- S03E06 / O último duelo
- S03E07 / O dia do pombo
- S03E08 / O mundo finito
- S03E09 / A teia dos Tholianos
- S03E10 / Os herdeiros de Platão
- S03E11 / O piscar de um olho
- S03E12 / Jóia rara
- S03E13 / Elaan de Troyius
- S03E14 / Castigo dos deuses
- S03E15 / A última batalha
- S03E16 / A marca de Gideon
- S03E17 / O sobrevivente
- S03E18 / As luzes de Zetar
- S03E19 / Réquiem para Matusalém
- S03E20 / Caminho para o Éden
- S03E21 / Os guardiões das nuvens
- S03E22 / Por trás da cortina
- S03E23 / Todos os nossos ontens
- S03E24 / O intruso
Resumo
Depois de sua segunda temporada, a NBC estava preparada para cancelar Star Trek devido aos baixos indíceis de audiência. Liderados pelos fãs Bjo e John Trimble, os telespectadores de Trek inundaram a NBC com cartas protestando contra o cancelamento da série e pedindo para a emissora renovar o programa para mais um ano. Depois da NBC ter concordado em produzir uma terceira temporada, ela prometeu a Gene Roddenberry que o programa iria ao ar em um horário favorável (segundas-feiras, às 19h30), porém mais tarde mudou a programação e colocou Star Trek no chamado "horário da morte" – sextas-feiras, às 22h00. Além da troca de horário na programação, o orçamento do programa foi "seriamente cortado" e Nichelle Nichols descreveu o eventual concelamento da série como "uma profecia auto-realizável"
A temporada final de 24 episódios de Star Trek começou em setembro de 1968 com "Spock's Brain". A terceira temporada também inclui "The Tholian Web", onde Kirk fica preso entre dois universos; este episódio seria revisitado em 2005 no episódio em duas partes "In a Mirror, Darkly", da série prequela Star Trek: Enterprise. O último episódio da série, "Turnabout Intruder", foi exibido em 3 de junho de 1969, porém Star Trek acabaria por voltar a televisão na forma de animação quando Star Trek: The Animated Series estreou em setembro de 1973.