Milo Thatch har hatt en drøm siden han var liten, å finne byen Atlantis, som på mystisk vis forsvant ned i havet. En dag tar professor Whitmore kontakt med unge Thatch og overrekker han «vokterens bok», i bytte mot å hjelpe dem på deres ferd mot å finne Atlantis, ettersom Milo er den eneste som kan det utdødde Atlantiske språket. Før Milo vet ord av det er han på båten med et mannskap Whitmore hyret til ekspedisjonen. Sammen med Dr. Sweet, mekanikerjenta Audrey og mange flere kjemper de seg igjennom en vanskelig vei, fylt med et urtidsmønster og mange skapninger før de endelig kommer frem til Atlantis. Her møter Milo den vakre prinsessen Kida, men oppdager at noen av de andre av mannskapet har andre planer med byen...

Kilde: TMDb